دوین جلسه شورای پژوهشی دانشگاه در سال 99 روز چهارشنبه مورخ 01/05/99 برگزار گردید. در این جلسه که با حضور اکثریت اعضا تشکیل شد که 11 طرح تحقیقاتی مورد بررسی قرار گرفت که ا از این 11 طرح، 2 طرح تحقیقاتی جهت بررسی ضرورت اجرا، 3 طرح تحقیقاتی جهت تسویه نهایی و 6 طرح هم به تصویب نهایی رسید. 6 طرحی که به تصویب نهایی رسید شامل 4 طرح تحقیقاتی و 2 طرح-پایان نامه بودند. در این جلسه، همچنین با تاسیس مرکز تحقیقاتی "علوم بهداشتی و ارتقاء سلامت" دانشگاه علوم پزشکی ایلام موافقت گردید.